A Lampedusa sbarcano migranti. Quelli che riescono a toccare la terraferma, quantomeno. Molti invece muoiono annegati, o per ipotermia. Altri ancora arrivano lì, ma sono stati separati dalla rispettiva famiglia: come Nour, una ragazzina siriana costretta dalla guerra a lasciare la propria patria, rimasta senza la madre Fatima. Pietro Bartolo, il dottore che si occupa di soccorrere i migranti, prende a cuore il suo caso.
Sebastião Rodrigues e Francisco Garupe sono due giovani gesuiti che si mettono sulle tracce del loro mentore spirituale, padre Cristóvão Ferreira, dopo la scoperta che questi si sarebbe convertito agli usi nipponici in seguito a delle tremende torture subite. In compagnia di una guida autoctona si mettono in viaggio e si imbattono in altri cristiani costretti a professare la loro religione di nascosto per evitare la persecuzione: il governo giapponese sta infatti cercando di sradicare dal Paese qualsiasi influenza occidentale. I due preti si separano e finiranno per affrontare situazioni sempre più estreme.
Bruno Dumont si confronta con il mito di Giovanna d'Arco partendo dalla pièce "Il mistero della carità di Giovanna d'Arco" di Charles Péguy, pubblicata nel 1910. Con una messa in scena originale, L'autore di P'tit Quinquin trasforma il testo di Péguy in un musical contemporaneo, impregnato di ironia quanto attento a lasciar emergere il paesaggio e i corpi degli attori, scelti tra gli abitanti della Loira.